ゲルを固定する

今日は分子生物学分野、最大の問題と言われるあの問題について考えます。

そう、「ゲル浮き問題」です。

皆さんもこれまでの電気泳動で一度ならずゲルが浮いて泳動を失敗したことがあるのではないでしょうか。浮いたのをすぐに発見できればいいのですが他の実験をしていると戻ってきた時にはゲルが横向きになったまま泳動されて泳動方向が曲がったり、ひどい時はDNAがゲルの脇から流出してしまったりということも起こります。

目的のバンドの有る無しを確認する程度なら少々泳動像が曲がっていても問題ありませんが、きちんとDNAのサイズを測りたいときには泳動をやり直さないといけません。論文に使うためにきれいな泳動像が欲しい場合にもやり直しです。

残りのDNAサンプルが無いともう一度DNAの抽出を行ったりPCRなどの実験を行ったりしないといけないため大幅な時間の無駄になってしまいます。単純な失敗のためこれをやるとかなり脱力してしまいます。どうにかゲル浮き問題を回避する方法はないものでしょうか。

まずゲルが浮いてしまう原因を考えてみましょう。

SONY セルソーター アップグレード完了のお知らせ

以前お知らせしていたように2月21日からSONYセルソーターSH800がアップグレードのために一時ソニーの工場に引き取られていました。3月半ばにアップグレードを完了して戻ってきていたのですが、装置の調整や軽微な修理等で正式なアナウンスが遅れていましたが本日からまた通常通りお使いいただけます。

今回のアップグレードの内容は96穴プレートまでのマルチウェルプレートに対応したソーティング機構の追加です。これまでのコレクションチューブへのソーティングに加え、マルチウェルプレート内のウェルへ細胞を取得することが可能になりました。

96プレートをセットしたところ。このあと奥に移動し細胞がウェルに入る。

対応マルチプレートは６，１２，２４，４８，９６ウェルタイプのプレートです。 プレートを冷却しながらのソーティングも行えます。

培養液を満たしたマルチウェルプレートの各ウェルに １細胞ずつ細胞を分取することもできるので細胞のクローニング用途にもご利用いただけます。分取した細胞はインキュベータへ持っていてそのまま培養できます（ゲノム研究分野では装置近くに細胞培養用のインキュベーターも設置していますので短期間の培養も行っていただけます）。

また専用台を使うことでPCRチューブにもソートできます。予め反応液を入れておけばそのままサーマルサイクラーに移してPCR反応を行うということも可能です。

PCRチューブにもソートできる。写真はPCRチューブを立てる専用台。

なぜかエッペンドルフ製。青いのは保冷剤。

これまでは２方向ソーティングに使うコレクションチューブを入れる台が装置内にセットしにくいという問題がありましたがこの不具合も解消されていますので、台がずれていたたために細胞がチューブ壁面にぶつかってしまうということもなくなると思います。

ちなみにマルチウェルプレートへのソーティング機構がついたことで本装置はSONY第２世代セルソーターとなり名前もSH800からSH800Zとなりました。なんかどこかで聞いたことがあるようなネーミングですね。

ゲノム研究分野ではなるべく早い時期に本装置の操作説明会を開く予定にしています。
後日お知らせしますのでぜひご参加ください。

PCR用酵素 その２

前回（PCR用酵素　その１）からの続きです。

PCR用酵素を４つのグループに分けて紹介しています。
後半の２グループです。

PCR用酵素 その１

皆さんはPCRを行うときにはどの酵素を使っていますか？
今日の記事はPCR用ポリメラーゼについてです。

PCR用ポリメラーゼは主に２つの種類に分かれます

１つ目はTaqポリメラーゼです。
TaqポリメラーゼはPCR用酵素の主力で最も広く使われています。
好熱細菌のThermus aquaticusから単離されたので頭文字部分をとってこの名前があります。
PCR法の開発初期に初めて採用された耐熱性ポリメラーゼもこのTaqポリメラーゼです。

Nichiryo ニチペット

なんだこれは。意外にいい。いやかなりいい。
盲点の日本製ピペッター ニチリョーニチペット

４回目のピペッター批評はその社名からパンを作っている会社かと思っていたら実は実験機器メーカーだったというニチリョーから販売されているピペッター、ニチペットが主役です。

（これまでのピペッター批評はこちら→１、２、３）

タイトルで今知ったみたいな書き方をしてしまいましたがニチペットを初めて見たのは15年くらい前です。

当時はギルソンのピペットマンだけが本物のピペッターと思っていたピペッター初心者だったので他の研究室にお邪魔してニチペットを借りて実験していた時にはほんとにちゃんと吸えているのかと疑っていました。

それ以後いろいろな研究室に行った際に時々ニチペットがあるのを見て、意外に持ってる人多いなーと思っていました。なぜか外国の研究室に行った時にもあって誰が買ったのだろうと思いつつも共通ピペッターだったので実験に使っていました。

しばらく使ってわかってきたのですが、本ピペッターは実によく考えて作られています。

顕微鏡の視度調整

ゲノム研究分野には顕微鏡がいくつかおいてあります。

以前紹介したLSM710、及びLSM510の２つの共焦点レーザー走査型顕微鏡（Carl Zeiss社製）、および正立型と倒立型の通常光型顕微鏡（倒立型は蛍光観察が可能）、実体顕微鏡（いずれもCarl Zeiss社製）が共同利用機器としてお使いいただけます。

共焦点レーザー走査型顕微鏡では観察者が肉眼で観察する機会は余りありませんが（サンプルの位置合わせくらい）それ以外の顕微鏡では実際に観察者がレンズを覗きながら長時間観察を行います。この時はまずはじめに接眼レンズを観察者自身の視力に合わせて調整する（視度調整と言います）必要があります。

今日はその視度調整の方法について説明します。

おすすめ論文紹介 - Novel Insect Picorna-Like Virus Identified in the Brains of Aggressive Worker Honeybees

前回の論文に引き続き今回もミツバチに関する論文を紹介します。

Title: Novel Insect Picorna-Like Virus Identified in the Brains of Aggressive Worker Honeybees
Tomoko Fujiyuki, Hideaki Takeuchi, Masato Ono, Seii Ohka, Tetsuhiko Sasaki, Akio Nomoto and Takeo Kubo
Journal of Virology Vol. 78, 1093-1100. 2004.

2004年の論文です。

前回の論文紹介ではニホンミツバチによるオオスズメバチの撃退法を取り上げました。
ニホンミツバチは巣を襲撃にきたオオスズメバチに対抗する手段として集団でオオスズメバチを包み込み自らが出す熱によってオオスズメバチを討ち取るというものでした。

この熱による攻撃はニホンミツバチのみが行う行動でありセイヨウミツバチは同じ手段で対抗することはできません。したがってオオスズメバチに襲撃されたセイヨウミツバチのコロニーは短時間のうちに全滅してしまいます。

自分たちの巣を襲われた際には巣を守る兵隊役の働き蜂はたとえ襲撃者がオオスズメバチであっても果敢に対抗します。セイヨウミツバチの攻撃手法はお尻の先にある毒針です。